Kraje Unii Europejskiej znajdują się na terenie dziewięciu lądowych regionów biogeograficznych, każdy z własnym charakterystycznym klimatem, roślinnością i geologią. Praca na poziomie biogeograficznym ułatwia zachowania gatunków i typów siedlisk o podobnych warunkach naturalnych na całym kontynencie, niezależnie od granic politycznych i administracyjnych. Polska leży w dwóch regionach biogeograficznych – kontynentalnym (ponad 90% powierzchni kraju) i alpejskim (polska część Karpat).
Niezaznaczony na powyższej mapie region Makaronezyjski obejmuje należące do UE wyspy Kanaryjskie znajdujące się u wybrzeży Afryki.